Die Bewerbungsphase einschließlich der Auswahl der 100 am Programm teilnehmenden Bäche wurde bis Ende 2019 abgeschlossen. Das Land Hessen beauftragte für die Umsetzung des Programms die Hessische Landgesellschaft mbH, die seit 2020 zur Verfügung steht. Diese unterstützt insbesondere die Kommunen und Wasserverbände bei der naturnahen Gestaltung der Bäche und übernimmt die Projektsteuerung. Das Programm wurde zunächst für den Zeitraum Januar 2020 bis Dezember 2023 aufgelegt. Im Januar 2024 wurde das Programm bis Dezember 2027 verlängert.